怎么用affy包查看全匹配探針與錯配探針

這篇文章主要講解了“怎么用affy包查看全匹配探針與錯配探針”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“怎么用affy包查看全匹配探針與錯配探針”吧！

affymetrix表達譜芯片在設計時 除了全匹配（perfect match, pm) 探針（25-mer探針）進行進行熒光信號檢測外，有時會設計錯配(mismatch, mm) 探針（一個位點錯配），基于PM-MM探針設計可以使檢測低濃度靶序列的特異性和靈敏度大大提高，也便于進行背景校正等。而由于芯片原始數據處理的方法不同，有時會利用錯配探針信號，而有時并不會參考錯配探針信息。譬如，常見的 RMA算法進行數據標準化并未利用到mm信號值，mas5 方法則要參考mm進行計算。

因此在實際分析的過程中需要明確對應的affymetrix芯片 是不是包含兩種探針信號，可選擇的原始數據標準化的分析方法是不是相互配套。

分析過程中可以對讀取的affymetrix芯片原始數據，所對應的AffyBatch 對象 利用pm() 函數和mm()查看是否包含對應的兩種探針信號值。

       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
369707                                          390                                             205
       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
369707                                                181                                          497
       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
369707                                             223                                                190
       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
369707                                          525                                             240
       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
369707                                                192                                          446
       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
369707                                             214                                                155
       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
370871                                          174                                             157
       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
370871                                                159                                          215
       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
370871                                             148                                                137
       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
370871                                          213                                             180
       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
370871                                                152                                          234
       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
370871                                             151                                                134

感謝各位的閱讀，以上就是“怎么用affy包查看全匹配探針與錯配探針”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對怎么用affy包查看全匹配探針與錯配探針這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！