怎么用bedtools統計VCF文件中各染色體不同區域中的變異數量

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1.獲得基因組的各染色體的長度信息

$ samtools faidx genome.fa
#生成gemome.fa.fai文件第一列為染色體，第二列為對應染色體長度
chr01   44488843        7       44488843        44488844
chr02   38522657        44488858        38522657        38522658
chr03   34302425        83011523        34302425        34302426
chr04   31904921        117313956       31904921        31904922
chr05   31465669        149218885       31465669        31465670
chr06   29481096        180684562       29481096        29481097
chr07   26142479        210165666       26142479        26142480
chr08   23295356        236308153       23295356        23295357
chr09   21309744        259603517       21309744        21309745
chr10   20413421        280913269       20413421        20413422

2.根據染色體的長度產出區域文件：

$ bedtools makewindows -g genome.fa.fai -w 100000 >region.bed
$ head region.bed
chr01   0       100000
chr01   100000  200000
chr01   200000  300000
chr01   300000  400000
chr01   400000  500000

3.輸入vcf文件統計不同區域里面變異個數

$ bedtools coverage -a region.bed -b q4.vcf  -counts >result.txt

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