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今天小編給大家分享一下bugbase指定表型預測的方法的相關知識點，內容詳細，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來了解一下吧。
Bugbase除了生成默認九種表型的預測文件，在本地運行還可以指定表型對樣品進行預測
1. 把想要預測的表型按照如下格式整理到一個文件夾下面，每個文件為一種表型，文件名稱為想要預測的表型。這里把5種要預測的表型文件放在了costom_pathway目錄下。
其中每個文件內容如下,一個KO ID占一行。
準備好文件之后，運行代碼即可。
1. 打開DOCKER虛擬機，進入鏡像(注意：運行成功需要至少25G的內存，所以需要給docker更多的內存)
docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it 億速云/ampliseq-q1:v1.2
2.生成指定表型的預測文件（運行默認為16S數據）
make.user.table.r -i costom_pathway/
參數說明
-i 準備好指定表型的文件目錄
運行成功后，目錄下會出一個過程文件intermediates（紅色）和需要的指定表行預測文件Custom_BugBase_Traits.txt（黃色）。
3.進行表型預測
run.bugbase.r -i table.from_txt_json.biom -m fastmap.txt -c loc -u costom_pathway/Custom_BugBase_Traits.txt -o cus_ko
參數說明
-i otu_table biom1.0格式文件(16S必須是用GREENGENE數據庫注釋)
-u 指定表型的預測文件
-m 樣品信息表
-c 指定樣品分組
-o 輸出文件名稱
-t 指定分類水平 1-7，默認門水平
-T 閾值 0-1，可指定過濾閾值
以上就是“bugbase指定表型預測的方法”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家閱讀完這篇文章都有很大的收獲，小編每天都會為大家更新不同的知識，如果還想學習更多的知識，請關注億速云行業資訊頻道。
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