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本文小編為大家詳細介紹“如何利用qiime2對barcode信息拆分數據”，內容詳細，步驟清晰，細節處理妥當，希望這篇“如何利用qiime2對barcode信息拆分數據”文章能幫助大家解決疑惑，下面跟著小編的思路慢慢深入，一起來學習新知識吧。
首先準備sample-metadata.tsv文件，樣本的barcode 文件信息，這里以雙端測序為例：
sample-id forward-barcodes reverse-barcodes Lin027 GATCTGCA CTACGATG Lin028 GATCTGCA GACATAGC Lin029 GATCTGCA GATCTGCA Lin032 GATCTGCA GCGTATGA Lin033 GATCTGCA GTATGCGA
準備測序數據，沒有拆分的雙端數據放到一個目錄：muxed-pe-barcode-in-seq，分別命名為：forward.fastq.gz reverse.fastq.gz
數據導入：
qiime tools import --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence \ --input-path muxed-pe-barcode-in-seq \ --output-path multiplexed-seqs.qza
利用qiime cutadapt 插件拆分數據：
qiime cutadapt demux-paired --i-seqs multiplexed-seqs.qza \ --m-forward-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-forward-barcodes-column forward-barcodes \ --m-reverse-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-reverse-barcodes-column reverse-barcodes \ --o-per-sample-sequences per_sample_sequences.qza \ --o-untrimmed-sequences untrimmed_sequences.qza
per_sample_sequences.qza 這個文件是拆分好的數據，并且已經去掉了barcode序列。
如果想去除引物可以使用：
qiime cutadapt trim-paired \ --i-demultiplexed-sequences per_sample_sequences.qza \ --p-cores 4 \ --p-no-indels \ --p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \ --p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT \ --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza
讀到這里，這篇“如何利用qiime2對barcode信息拆分數據”文章已經介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識點還需要大家自己動手實踐使用過才能領會，如果想了解更多相關內容的文章，歡迎關注億速云行業資訊頻道。
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