R語言的immune_bar_plot.r如何使用

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immune_bar_plot.r 免疫侵潤分析bar繪圖

使用方法：

$ Rscript  immune_bar_plot.r  -h
usage: immune_bar_plot.r [-h] -i filepath [-t title]
                                                  [-a xlab] [-b ylab]
                                                  [-m metadata]
                                                  [-g group [group ...]] [-x]
                                                  [-o outdir] [-n prefix]
                                                  [-H height] [-W width]
immune bar plot
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i filepath, --input filepath
                        input the immune martix [required]
  -t title, --title title
                        input legend tittle name [default cell type]
  -a xlab, --xlab xlab  input xlab [default sample]
  -b ylab, --ylab ylab  input ylab [default fraction]
  -m metadata, --metadata metadata
                        input metadata file [default NULL]
  -g group [group ...], --group group [group ...]
                        name of group order [default NULL]
  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -n prefix, --name prefix
                        out file name prefix [default demo]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 7]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 12]

參數說明：

使用舉例：

#繪制免疫侵潤柱狀圖
Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar \
-o immu --ylab fraction  --no.xaxis
#按照分組進行排序
Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar.g \
-m metadata.group.tsv -g subtype.hclust -o immu --ylab fraction  --no.xaxis

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