R語言的immune_compare_stat.r如何使用

今天小編給大家分享一下R語言的immune_compare_stat.r如何使用的相關知識點，內容詳細，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來了解一下吧。

immune_compare_stat.r  免疫細胞表達差異比較

使用說明：

$ Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r  -h
usage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/immune_compare_stat.r [-h] -i filepath -v
                                                           celltype
                                                           [celltype ...] -m
                                                           filepath -g group
                                                           [-b groupby]
                                                           [-o path]
                                                           [-n prefix]
t.test annova and wilcox.test: https://www.億速云.com/article/1496
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i filepath, --input filepath
                        input alpha diversity celltype file[required]
  -v celltype [celltype ...], --celltype celltype [celltype ...]
                        which celltype to compare : "B cell" ...[required]
  -m filepath, --metadata filepath
                        input metadata file path[required]
  -g group, --group group
                        group name from metadata to test[required]
  -b groupby, --groupby groupby
                        main group name from metadata to test [default NULL]
  -o path, --outdir path
                        output file directory [default cwd]
  -n prefix, --name prefix
                        out file name prefix [default demo]

使用示例：

Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r -i immu/ssgsea.res.tsv \
  -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust \
  --celltype "B cells"  "T cells" -o immu -n ssgse

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