R語言的lasso_cox.r lasso_cox怎么用

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lasso_cox.r  lasso_cox 模型優化分析

使用說明：

Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -h 
usage: /work/my_stad_immu/scripts/lasso_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v
                                              variate [variate ...] [-s seed]
                                              [-l lambda] [-P predict.time]
                                              [-o outdir] [-p prefix]

lasso cox regression analysis

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i data, --data data  input data file path[required]
  -t time, --time time  set suvival time column name [required]
  -e event, --event event
                        set event column name [required]
  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]
                        variate for cox analysis [required]
  -s seed, --seed seed  set random seed [default 2021]
  -l lambda, --lambda lambda
                        set lambda cut off [default NULL]
  -P predict.time, --predict.time predict.time
                        Time point of the ROC curve to select cutoff [default
                        365 1095 1825]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default lasso_cox]

使用舉例：

Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -i imm.unicox.metadata-exp.tsv -e EVENT -t TIME \
  -v SYT12 CDH2 GPNMB TMIGD3 LINC01094 SLC22A20P IGHV4-61 IGHV2-5 SERPINA5 MS4A4A FAM83A IGLV3-9 STARD3    -o lasso

參數說明：

-i 輸入生存數據與基因表達文件 

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