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這篇文章主要為大家展示了“如何寫shell腳本”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“如何寫shell腳本”這篇文章吧。
用途：輸入全基因組重測序的fastq文件和使用bowtie2構建的葉綠體參考基因組索引，提取全基因組重測序數據中的葉綠體基因組的數據
fq1=$1
fq2=$2
reference=$3
fq_file_name_1="${fq1%%.*}"
fq_file_name_2="${fq2%%.*}"
output_prefix="${fq1%%_*}"
bowtie2 -q -x ${reference} -1 ${fq_file_name_1}.fastq -2 ${fq_file_name_2}.fastq -p 8 -S ${output_prefix}.sam
echo '1 alignment done'
samtools view -S -b -o ${output_prefix}.bam ${output_prefix}.sam
echo '2 sam convert to bam done'
samtools sort -n -O bam -o ${output_prefix}.sorted.bam ${output_prefix}.bam
echo '3 sort by read name done'
samtools view -u -f 1 -F 12 ${output_prefix}.sorted.bam > ${output_prefix}.sorted.aligned.bam
echo '4 extract aligned reads done'
bamToFastq -i ${output_prefix}.sorted.aligned.bam -fq mapped_R1.fastq -fq2 mapped_R2.fastq
echo '5 The result files are mapped_R1.fastq and mapped_R2.fastq'
使用方法是
bash practice.sh input_1.fastq input_2.fastq reference/cp_index
使用前提是samtools、bowtie2、和bamToFastq已經安裝并且添加到了環境變量
將一臺服務器上的文件拷貝到本機https://zhuanlan.zhihu.com/p/22482509
以上是“如何寫shell腳本”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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