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WGCNA的TOM矩陣熱圖配色問題該怎么解決,很多新手對此不是很清楚,為了幫助大家解決這個難題,下面小編將為大家詳細講解,有這方面需求的人可以來學習下,希望你能有所收獲。
“老米”投稿:手把手10分文章WGCNA復現:小膠質細胞亞群在腦發育時髓鞘形成的作用 , 里面是有TOM矩陣熱圖,就是配色很奇怪。所以經常有人詢問這個問題:
但是官網配色是:
首先,這個差異其實并不重要,當然了這個TOM矩陣熱圖本身就可有可無,僅僅是因為教程里提到了而已,大部分情況下,就是湊圖。
再說,這個配色問題,跟WGCNA沒有關系,是R語言技巧罷了。或者說是搜索技巧:
https://www.biostars.org/p/394615/#394743
簡單的配色代碼即可解決:
TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors,
main = "Network heatmap plot, all genes",
col=gplots::colorpanel(250,'red',"orange",'lemonchiffon'))
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