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這篇文章主要介紹“如何使用TCGAbiolinks進行生存分析”，在日常操作中，相信很多人在如何使用TCGAbiolinks進行生存分析問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”如何使用TCGAbiolinks進行生存分析”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！
TCGAbiolinks不僅提供了數據的下載功能，還提供了各種各樣的下游分析功能，生存分析是TCGA數據最經典的應用場景之一，通過TCGAbiolinks可以輕松實現生存分析。
在進行生存分析之前，首先要得到患者的臨床數據。在之前的文章中介紹了通過GDC來下載臨床數據的方法，在GDC中臨床數據有兩種形式
XML
每個樣本的所有臨床信息以XML的格式進行存儲，該文件中包含的臨床信息是最為全面的
TSV/JSON
將需要下載的數據添加到GDCcart之后，可以選擇下載tsv或者json格式的臨床信息，這種方式得到的信息只是XML中信息的一個子集，缺點就是不夠完整，但是對于生存分析而言卻是足夠了，而且該文件中患者的生存信息比XML文件更新的快。
這兩種臨床信息的下載方式如下
結果示意如下
結果示意如下
此外，還提供了從GDC Legacy Archive數據庫下載臨床信息的功能，用法如下
在進行生存分析時，更推薦使用TSV/JSON格式的生存信息，更新的更加及時，具體用法如下
結果如下所示
到此，關于“如何使用TCGAbiolinks進行生存分析”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！
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