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這篇文章主要介紹了ReMap有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
ReMap收集來自GEO和Encode項目中人的chip_seq數據，對來自不同細胞系，不同類別轉錄因子的數據進行歸類整理，網址如下
http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php
在該數據庫中，提供了兩種數據查看的方式，分別以轉錄因子和細胞類型為中心，以轉錄因子為中心的結果示意如下
點擊每個轉錄因子，可以查看以下信息
包括轉錄因子的分類，對應的基因和蛋白數據庫的鏈接等信息，示意如下
對于該轉錄因子相關的數據集，提供了peak結果的下載，基因組瀏覽器可視化等功能，示意如下
以細胞類型為中心的結果示意如下
除了查看各種轉錄因子的chip_seq分析結果外，官網還提供了一個注釋工具，用于Enrichment分析。上傳自己的peak文件，與數據庫中已有的轉錄因子的peak區間進行比較，分析在上傳的peak區域中富集了哪些轉錄因子，用法示意如下
上傳BED格式的peak文件即可，在輸出結果中，會給出可能富集的轉錄因子，圖示如下
首先計算上傳的peak區間與數據庫中轉錄因子的peak區間overlap的個數，同時用隨機抽樣的方式從上傳的peak區間中進行抽樣，計算抽樣結果與數據庫中peak的overlap個數，通過比較實際overlap與隨機抽樣的overlap個數,計算Evalue值，對應的表格數據如下
通過ReMap, 一方面可以檢索和下載轉錄因子的peak結果文件，另一方面，可以進行轉錄因子富集分析。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“ReMap有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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