代謝通路專用數據庫wikipathway是怎么樣的

本篇文章為大家展示了代謝通路專用數據庫wikipathway是怎么樣的，內容簡明扼要并且容易理解，絕對能使你眼前一亮，通過這篇文章的詳細介紹希望你能有所收獲。

為了預防和治療疾病，理解細胞活動至關重要。細胞活動通常是一系列蛋白質和代謝物質的動態變化過程，叫做pathway。我們常用的pathway 數據庫就是KEGG pathway，除了KEGG pathway 之外，還有很多的pathway 數據庫可以使用。

當我們在NCBI 上查詢某個基因時，會給出對應的pathway 注釋信息，比如 human 的 TP53 基因

從圖中，我們可以看到，有KEGG pathway, Wikipathway, REACTOME, Pathway Interaction Database 等數據庫。

pathway 是我們對細胞活動的已知信息的體現，隨著科研人員的不斷努力，每年都會有新的pathway 信息大量增加，wikipathway 收錄這些信息，并提供了一個免費的，易于使用的web 服務。

wikipathway 中的信息和kegg  pathway 有所區別，kegg 的pathway 是跨物種的概念，而wikipathway 是針對每一個物種，收錄其特定的pathway 信息。

官網的鏈接如下：

https://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways

我們可以通過 Search 功能進行檢索，也可以通過Browse 進行瀏覽。

比如說檢索tp53 基因參與的pathway信息，按照上圖所示，輸入基因名稱，然后點擊Search 按鈕，就可以看到如下所示的頁面

在該頁面，選擇對應的物種，就會給出所有相關的pathway 信息。當然，我們也可以直接下載所有的pathway 信息。

點擊 Download 按鈕下方的圖片，在跳轉到頁面，可以按照物種進行下載

但是這種方式下載的是gpml 格式的文件，適合編程處理或者導入其他文件中處理。gpml 和 KEGG 的 kgml 格式差不多，保存了pathway 中的蛋白相互作用 （interaction）和 分子反應 （reaction） 信息。在這個頁面的下方，還提供了其他的下載方式。

最常用的就是 Gene lists per pathway(GMT)和  Pathway image files (SVG) 這兩種方式。

Gene lists per pathway(GMT) 可以下載.gmt 格式的文件，這種文件保存了基因和pathway 之間的對應關系，但是基因ID 給的是Entrez ID; Pathway image files (SVG) 可以下載所有pathway的通路圖，是svg 格式的。

對于wikipathway 的通路圖而言，有兩個核心概念，基因產物(gene product) 和代謝物（Metabolites ）。pathway 簡單理解就是一些列的酶促反應，酶是基因的產物，而酶促反應的底物和產物都可以看做是代謝物；

在通路圖中， 代謝物用藍色表示， 基因產物用黑色表示， 代謝物A 到 代謝物B 用黑色箭頭鏈接， 催化反應的蛋白酶（基因產物）用末端為圓形的箭頭鏈接
比如下面這個：

總結

1. wikipathway 是一個代謝通路的數據庫，可以作為kegg pathway 的補充，

2. wikipathway采用gpml格式存儲pathway 中的interaction和 reaction 信息，代謝通路圖中藍色表示代謝物，黑色代表基因產物。

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