今天要模仿的圖片來自于論文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology

 

重復的圖片是Figure2中的韋恩圖，然后將兩個韋恩圖拼到一起

R語言里比較常用的畫韋恩圖的包是VennDiagram，但是今天的內容涉及到拼圖，用VennDiagram畫圖后如何拼圖我暫時還不知道。所以今天使用另外一個包ggvenn，因為是gg系列，拼圖實現起來就相對比較容易。之前也錄制過視頻介紹這個包

devtools::install_github("yanlinlin82/ggvenn")

輸入數據可以是列表，也可以是一個數據框，今天用列表的形式作為輸入數據

df1<-read.csv("example_data/venn_example_1.csv",header=T)
df2<-read.csv("example_data/venn_example_2.csv",header=T)
df3<-read.csv("example_data/venn_example_3.csv",header=T)
df4<-read.csv("example_data/venn_example_4.csv",header=T)

x<-list(`High marine protein`=df1$A,
        `Medium fat`=df2$B,
        `High fat`=df3$C,
        `Low marine protein`=df4$D)

library(ggvenn)
ggvenn(x)

 

這里遇到一個問題是文字標簽超出邊界了，如何調節文字標簽的位置暫時還不知道如何通過代碼實現，只能出圖后手動編輯了。

比如改變配色，去掉百分比，更改文字的顏色等等

ggvenn(x,
       show_percentage = F,
       stroke_color = "white",
       fill_color = c("#ffb2b2","#b2e7cb","#b2d4ec","#d3c0e2"),
       set_name_color = c("#ff0000","#4a9b83","#1d6295","#7030a2"))

 

ggvenn(x,
       c("Medium fat","High fat", "Low marine protein"),
       show_percentage = F,
       stroke_color = "white",
       fill_color = c("#ffb2b2","#b2e7cb","#b2d4ec"),
       set_name_color = c("#ff0000","#4a9b83","#1d6295"))

 

因為是gg系列，拼圖可以選擇的就很多了，這里我選擇cowplot這個包

p1<-ggvenn(x,
       show_percentage = F,
       stroke_color = "white",
       fill_color = c("#ffb2b2","#b2e7cb","#b2d4ec","#d3c0e2"),
       set_name_color = c("#ff0000","#4a9b83","#1d6295","#7030a2"),
       set_name_size  = 2)
p2<-ggvenn(x,
       c("Medium fat","High fat", "Low marine protein"),
       show_percentage = F,
       stroke_color = "white",
       fill_color = c("#ffb2b2","#b2e7cb","#b2d4ec"),
       set_name_color = c("#ff0000","#4a9b83","#1d6295"),
       set_name_size = 2)
library(cowplot)
plot_grid(p1,p2,ncol=2,nrow = 1,labels = c("b",""))