今天要模仿的圖片來自于論文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology

 

今天重復的圖片是Figure1中的聚類樹圖

 

Hierarchical clustering dendrogram with jackknife support (numbers on the branches; only values above 50 are shown in the tree).

所以論文中實際的數據做的是聚類分析，而并不是進化樹。他這里做聚類分析也能夠獲得每個節點對應的支持率。這個如何實現我暫時還不知道。為了模仿這個圖，下面的輸入數據我直接使用進化樹文件了，因為構建進化樹的時候能夠很方便的獲得節點的支持率信息。

這里用到的數據集來自 網址 https://www.kuleuven.be/aidslab/phylogenybook/Data_sets.html

 

這本 The Phylogenetic Handbook second edition 不知道大家有沒有電子版可以分享呀！

mafft --auto ggtree_practice.fasta > ggtree_practice_aligned.fasta

iqtree -s ggtree_practice_aligned.fasta -bb 1000

得到樹文件ggtree_practice_aligned.fasta.treefile

接下來是在R語言里的操作

數據總共三列

• 第一列是 構建進化樹用到的fasta文件的序列名，這里注意列明用label，不要用其他
• 第二列是分組信息，用來填充不同的顏色
• 第三列也是分組信息，用來映射形狀

第二列和第三列的列名就是圖例上想顯示什么就用什么

 

library(ggtree)
library(treeio)
library(tidytree)

• treeio用來讀入進化樹
• tidytree用來將分組信息整合給進化樹
• ggtree用來可視化展示進化樹

tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile",
                  node.label = "support")
d<-read.csv("ggtree_group_info.csv",header=T)
d

trs<-full_join(tree,d,by='label')

tree@data$support<-ifelse(tree@data$support<50,NA,tree@data$support)

ggtree(trs,layout = "circular",branch.length = "none")+
  #geom_tiplab(offset = 0.01)+
  geom_tippoint(aes(shape=Diet,color=Gut.compartment),
                size=5)+
  scale_shape_manual(values = c(16,17,18,15))+
  geom_text2(aes(label=support,angle=angle),hjust=-0.2)+
  scale_color_manual(values = c("#800080","#ff8000","#008080"),
                     name="Gut_compartment")+
  guides(color=guide_legend(order = 1))

看完上述內容，你們對怎么使用R語言ggtree展示進化樹有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內容，請關注億速云行業資訊頻道，感謝大家的支持。