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1、 存儲結構
MyISAM：每個MyISAM在磁盤上存儲成三個文件。第一個文件的名字以表的名字開始，擴展名指出文件類型。.frm文件存儲表定義。數據文件的擴展名為.MYD (MYData)。索引文件的擴展名是.MYI (MYIndex)。
InnoDB：所有的表都保存在同一個數據文件中（也可能是多個文件，或者是獨立的表空間文件），InnoDB表的大小只受限于操作系統文件的大小，一般為2GB。
2、 存儲空間
MyISAM：可被壓縮，存儲空間較小。支持三種不同的存儲格式：靜態表(默認，但是注意數據末尾不能有空格，會被去掉)、動態表、壓縮表。
InnoDB：需要更多的內存和存儲，它會在主內存中建立其專用的緩沖池用于高速緩沖數據和索引。
3、 事務支持
MyISAM：強調的是性能，每次查詢具有原子性,其執行數度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持。
InnoDB：提供事務支持事務，外部鍵等高級數據庫功能。 具有事務(commit)、回滾(rollback)和崩潰修復能力(crash
recovery capabilities)的事務安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。
4、 CURD操作
MyISAM：如果執行大量的SELECT，MyISAM是更好的選擇。(因為沒有支持行級鎖)，在增刪的時候需要鎖定整個表格，效率會低一些。相關的是innodb支持行級鎖，刪除插入的時候只需要鎖定改行就行，效率較高
InnoDB：如果你的數據執行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考慮，應該使用InnoDB表。DELETE
從性能上InnoDB更優，但DELETE FROM
table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除，在innodb上如果要清空保存有大量數據的表，最好使用truncate table這個命令。
5、 外鍵
MyISAM：不支持
InnoDB：支持
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