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小編給大家分享一下Python中networkx包有什么用,希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲,下面讓我們一起去探討吧!
Python主要應用于:1、Web開發;2、數據科學研究;3、網絡爬蟲;4、嵌入式應用開發;5、游戲開發;6、桌面應用開發。
networkx是Python的一個包,用于構建和操作復雜的圖結構,提供分析圖的算法。圖是由頂點、邊和可選的屬性構成的數據結構,頂點表示數據,邊是由兩個頂點唯一確定的,表示兩個頂點之間的關系。頂點和邊也可以擁有更多的屬性,以存儲更多的信息。
對于networkx創建的無向圖,允許一條邊的兩個頂點是相同的,即允許出現自循環,但是不允許兩個頂點之間存在多條邊,即出現平行邊。邊和頂點都可以有自定義的屬性,屬性稱作邊和頂點的數據,每一個屬性都是一個Key:Value對。
一,創建圖
在創建圖之前,需要導入networkx模塊,通常設置別名為nx;如果創建的圖中,頂點之間的邊沒有方向,那么該圖稱作無向圖。在創建圖時,可以通過help(g)來獲得圖的幫助文檔。
import networkx as nxg=nx.Graph()#創建空的無向圖g=nx.DiGraph()#創建空的有向圖
二,圖的頂點
圖中的每一個頂點Node都有一個關鍵的ID屬性,用于唯一標識一個節點,ID屬性可以整數或字符類型;頂點除了ID屬性之外,還可以自定義其他的屬性。
1,向圖中增加頂點
在向圖中增加頂點時,可以一次增加一個頂點,也可以一次性增加多個頂點,頂點的ID屬性是必需的。在添加頂點之后,可以通過g.nodes()函數獲得圖的所有頂點的視圖,返回的實際上NodeView對象;如果為g.nodes(data=True)的data參數設置為true,那么返回的是NodeDataView對象,該對象不僅包含每個頂點的ID屬性,還包括頂點的其他屬性。
g.add_node(1)g.add_nodes_from([2,3,4])g.nodes()#NodeView((1, 2,3,4))
在向圖中添加頂點時,除ID屬性之外,也可以向頂點中增加自定義的屬性,例如,名稱屬性,權重屬性:
>>> g.add_node(1,name='n1',weight=1)>>> g.add_node(2,name='n2',weight=1.2)
2,查看頂點的屬性
通過屬性_node獲得圖的所有頂點和屬性的信息,_node屬性返回的是一個字典結構,字典的Key屬性是頂點的ID屬性,Value屬性是頂點的其他屬性構成的一個字典。
>>> g._node{1: {'name': 'n1', 'weight': 1}, 2: {'name': 'n2', 'weight': 1.2}, 3: {}, 4: {}}>>>g.nodes(data=True)
可以通過頂點的ID屬性來查看頂點的其他屬性:
>>> g.node[1]{'name': 'n1', 'weight': 1}>>> g.node[1]['name']'n1 new'
通過g.nodes(),按照特定的條件來查看頂點:
>>> list(g.nodes(data=True)) [(1, {'time': '5pm'}), (3, {'time': '2pm'})]
3,刪除頂點
通過remove函數刪除圖的頂點,由于頂點的ID屬性能夠唯一標識一個頂點,通常刪除頂點都需要通過傳遞ID屬性作為參數。
g.remove_node(node_ID)g.remove_nodes_from(nodes_list)
4,更新頂點
更新圖的頂點,有兩種方式,第一種方式使用字典結構的_update函數,第二種方式是通過索引來設置新值:
>>> g._node[1].update({'name':'n1 new'})>>> g.node[1]['name']='n1 new'{1: {'name': 'n1 new', 'weight': 1}, 2: {'name': 'n2', 'weight': 1.2}, 3: {}, 4: {}}
5,刪除頂點的屬性
使用del命令刪除頂點的屬性
del g.nodes[1]['room']
6,檢查是否存在頂點
檢查一個頂點是否存在于圖中,可以使用 n in g方式來判斷,也可以使用函數:
g.has_node(n)
三,圖的邊
圖的邊用于表示兩個頂點之間的關系,因此,邊是由兩個頂點唯一確定的。為了表示復雜的關系,通常會為邊增加一個權重weight屬性;為了表示關系的類型,也會設置為邊設置一個關系屬性。
1,向圖中增加邊
邊是由對應頂點的名稱構成的,例如,頂點2和3之間有一條邊,記作e=(2,3),通過add_edge(node1,node2)向圖中添加一條邊,也可以通過add_edges_from(list)向圖中添加多條邊;在添加邊時,如果頂點不存在,那么networkx會自動把相應的頂點加入到圖中。
g.add_edge(2,3)g.add_edges_from([(1,2),(1,3)])g.edges()#EdgeView([(1, 2), (1, 3), (2, 3)])
可以向邊中增加屬性,例如,權重,關系等:
g.add_edge(1, 2, weight=4.7, relationship='renew')
由于在圖中,邊的權重weight是非常有用和常用的屬性,因此,networkx模塊內置以一個函數,專門用于在添加邊時設置邊的權重,該函數的參數是三元組,前兩個字段是頂點的ID屬性,用于標識一個邊,第三個字段是邊的權重:
g.add_weighted_edges_from([(1,2,0.125),(1,3,0.75),(2,4,1.2),(3,4,0.375)])
在增加邊時,也可以一次增加多條邊,為不同的邊設置不同的屬性:
g.add_edges_from([(1,2,{'color':'blue'}), (2,3,{'weight':8})])
2,查看邊的屬性
查看邊的屬性,就是查看邊的數據(data),查看所有邊及其屬性:
>>> g.edges(data=True)EdgeDataView([(1, 2, {}), (1, 3, {}), (2, 3, {})])
查看特定的邊的信息有兩種方式:
>>> g[1][2]>>> g.get_edge_data(1,2){'weight': 0.125, 'relationship': 'renew', 'color': 'blue'}
3,刪除邊
邊是兩個頂點的ID屬性構成的元組,通過 edge=(node1,node2) 來標識邊,進而從圖中找到邊:
g.remove_edge(edge)g.remove_edges_from(edges_list)
4,更新邊的屬性
通過邊來更新邊的屬性,由兩種方式,一種是使用update函數,一種是通過屬性賦值來實現:
g[1][2]['weight'] = 4.7g.edge[1][2]['weight'] = 4g[1][2].update({"weight": 4.7})g.edges[1, 2].update({"weight": 4.7})
5,刪除邊的屬性
通過 del命令來刪除邊的屬性
del g[1][2]['name']
6,檢查邊是否存在
檢查一條邊是否存在于圖中
g.has_edge(1,2)
四,圖的屬性
圖的屬性主要是指相鄰數據,節點和邊。
1,adj
ajd返回的是一個AdjacencyView視圖,該視圖是頂點的相鄰的頂點和頂點的屬性,用于顯示用于存儲與頂點相鄰的頂點的數據,這是一個只讀的字典結構,Key是頂點,Value是頂點的屬性數據。
>>> g.adj[1][2]{'weight': 0.125, 'relationship': 'renew', 'color': 'blue'}>>> g.adj[1]AtlasView({2: {'weight': 0.125, 'relationship': 'renew', 'color': 'blue'}, 3: {'weight': 0.75}})
2,edges
圖的邊是由邊的兩個頂點唯一確定的,邊還有一定的屬性,因此,邊是由兩個頂點和邊的屬性構成的:
>>> g.edgesEdgeView([(1, 2), (1, 3), (2, 3), (2, 4), (3, 4)])>>> g.edges.data()EdgeDataView([(1, 2, {'weight': 0.125, 'relationship': 'renew', 'color': 'blue'}),(1, 3, {'weight': 0.75}),(2, 3, {'weight': 8}),(2, 4, {'weight': 1.2}),(3, 4, {'weight': 0.375})])
EdgeView僅僅提供邊的信息,可以通過屬性g.edges或函數g.edges()來獲得圖的邊視圖。
EdgeDataView提供圖的邊和邊的屬性,可以通過EdgeView對象來調用data()函數獲得。
3,nodes
圖的頂點是頂點和頂點的屬性構成的
>>> g.nodesNodeView((1, 2, 3, 4))>>> g.nodes.data()NodeDataView({1: {'name': 'n1 new', 'weight': 1}, 2: {'name': 'n2', 'weight': 1.2}, 3: {}, 4: {}})
NodeView 通過屬性g.nodes或函數g.nodes()來獲得。
NodeDataView提供圖的邊和邊的屬性,可以通過NodeView對象來調用data()函數獲得。
4,degree
對于無向圖,頂點的度是指跟頂點相連的邊的數量;對于有向圖,頂點的圖分為入度和出度,朝向頂點的邊稱作入度;背向頂點的邊稱作出度。
通過g.degree 或g.degree()能夠獲得DegreeView對象,
五,圖的遍歷
圖的遍歷是指按照圖中各頂點之間的邊,從圖中的任一頂點出發,對圖中的所有頂點訪問一次且只訪問一次。圖的遍歷按照優先順序的不同,通常分為深度優先搜索(DFS)和廣度優先搜索(BFS)兩種方式。
1,查看頂點的相鄰頂點
查看頂點的相鄰頂點,有多種方式,例如,以下代碼都用于返回頂點1的相鄰頂點,g[n]表示圖g中,與頂點n相鄰的所有頂點:
g[n]g.adj[n]g.neighbors(n)
其中,g.neighbors(n)是g.adj[n]的迭代器版本。
2,查看圖的相鄰
該函數返回頂點n和相鄰的節點信息:
>>> for n, nbrs in g.adjacency():... print(n)... print(nbrs)
3,圖的遍歷
深度優先遍歷的算法:
首先以一個未被訪問過的頂點作為起始頂點,沿當前頂點的邊走到未訪問過的相鄰頂點;當當前頂點沒有未訪問過的相鄰頂點時,則回到上一個頂點,繼續試探別的相鄰頂點,直到所有的頂點都被訪問過。
深度優先遍歷算法的思想是:從一個頂點出發,一條路走到底;如果此路走不通,就返回上一個頂點,繼續走其他路。
廣度優先遍歷的算法:
從頂點v出發,依次訪問v的各個未訪問過的相鄰頂點;分別從這些相鄰頂點出發依次訪問它們的相鄰頂點;
廣度優先遍歷算法的思想是:以v為起點,按照路徑的長度,由近至遠,依次訪問和v有路徑相通且路徑長度為1,2...,n的頂點。
在進行圖遍歷時,需要訪問頂點的相鄰頂點,這需要用到adjacency()函數,例如,g是一個無向圖,n是頂點,nbrs是頂點n的相鄰頂點,是一個字典結構
for n,nbrs in g.adjacency(): print (n, nbrs) for nbr,attr in nbrs.items(): # nbr表示跟n連接的頂點,attr表示這兩個點連邊的屬性集合 print(nbr,attr)
六,繪制Graph
使用networkx模塊draw()函數構造graph,使用matplotlib把圖顯示出來:
nx.draw(g)import matplotlib.pyplot as pltplt.show()
修改頂點和邊的顏色:
g = nx.cubical_graph()nx.draw(g, pos=nx.spectral_layout(g), nodecolor='r', edge_color='b')plt.show()
完整的示例如下面的代碼所示:
from matplotlib import pyplot as pltimport networkx as nxg=nx.Graph()g.add_nodes_from([1,2,3])g.add_edges_from([(1,2),(1,3)])nx.draw_networkx(g)plt.show()
七,計算每個頂點的PageRank值
每個頂點的PageRank(簡稱PR)值,是訪問頂點的概率,可以通過networkx.pagerank()函數來計算,該函數根據頂點的入邊和邊的權重來計算頂點的PR值,也就是說,PR值跟頂點的入邊有關,跟入邊的weight(權重)屬性有關:
pagerank(g, alpha=0.85, personalization=None, max_iter=100, tol=1e-06, nstart=None, weight='weight', dangling=None)
常用參數注釋:
g:無向圖會被轉換為有向圖,一條無向邊轉換為兩條有向邊;alpha:阻尼參數,默認值是0.85,取值范圍為 0 到 1, 代表從圖中某一特定點指向其他任意點的概率;weight:默認值是weight,表示使用edge的weight屬性作為權重,如果沒有指定,那么把edge的權重設置為1;
1,舉個例子
例如,創建一個有向圖,由三個頂點(A、B和C),兩條邊(A指向B,A指向C),邊的權重都是0.5
g=nx.DiGraph()g.add_weighted_edges_from([('A','B',0.5),('A','C',0.5)])print( nx.pagerank(g))#{'A': 0.259740259292235, 'C': 0.3701298703538825, 'B': 0.3701298703538825}
修改邊的權重,并查看頂點的PR值:
g['A']['C']['weight']=1print( nx.pagerank(g))# {'A': 0.259740259292235, 'C': 0.40692640737443164, 'B': 0.3333333333333333}
2,查看各個頂點的PR值
根據圖來創建PageRank,并查看各個頂點的PageRank值
pr=nx.pagerank(g)#page_rank_value=pr[node]for node, pageRankValue in pr.items(): print("%s,%.4f" %(node,pageRankValue))
看完了這篇文章,相信你對“Python中networkx包有什么用”有了一定的了解,如果想了解更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道,感謝各位的閱讀!
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