在Hibernate中清除二級緩存可以使用以下幾種方法：

1. 通過Session的evict()方法清除特定實體對象的緩存。例如：

session.evict(entity);

2. 通過SessionFactory的evict()方法清除特定類型實體對象的緩存。例如：

sessionFactory.evict(EntityClass.class);

3. 使用SessionFactory的evictAll()方法清除所有實體對象的緩存。例如：

sessionFactory.evictAll();

4. 使用Query對象的setCacheable(false)方法禁用查詢結果的緩存。例如：

Query query = session.createQuery("from Entity");
query.setCacheable(false);

5. 使用@Cache注解的evict()方法清除特定實體對象的緩存。例如：

Cache cache = sessionFactory.getCache().getEntityCacheRegion(EntityClass.class);
cache.evict(entityId);

需要注意的是，清除二級緩存并不會立即刪除緩存中的數據，它只是把緩存中的數據標記為無效，下次訪問該數據時會被重新加載到緩存中。如果想要立即刪除緩存中的數據，可以使用以下方法：

1. 使用Query對象的setCacheMode(CacheMode.IGNORE)方法忽略二級緩存。例如：

Query query = session.createQuery("from Entity");
query.setCacheMode(CacheMode.IGNORE);

2. 使用@Cache注解的region()屬性指定緩存區域，然后使用Cache對象的clear()方法清除緩存區域中的數據。例如：

Cache cache = sessionFactory.getCache().getRegion("entityCacheRegion");
cache.clear();

需要注意的是，清除二級緩存會影響應用程序的性能，因為下次訪問該數據時需要重新從數據庫中加載。因此，清除二級緩存應該謹慎使用，只在必要的時候進行清除。