在C#中，可以使用StringComparer.OrdinalIgnoreCase來比較兩個MD5值。首先將兩個MD5值轉換為字符串，然后使用StringComparer.OrdinalIgnoreCase.Equals()方法來比較這兩個字符串是否相等。示例代碼如下：

using System;
using System.Security.Cryptography;
using System.Text;

class Program
{
    static void Main()
    {
        string md5Value1 = CalculateMD5("hello");
        string md5Value2 = CalculateMD5("world");

        if (StringComparer.OrdinalIgnoreCase.Equals(md5Value1, md5Value2))
        {
            Console.WriteLine("MD5 values are equal.");
        }
        else
        {
            Console.WriteLine("MD5 values are not equal.");
        }
    }

    static string CalculateMD5(string input)
    {
        using (var md5 = MD5.Create())
        {
            byte[] inputBytes = Encoding.ASCII.GetBytes(input);
            byte[] hashBytes = md5.ComputeHash(inputBytes);

            StringBuilder sb = new StringBuilder();
            for (int i = 0; i < hashBytes.Length; i++)
            {
                sb.Append(hashBytes[i].ToString("x2"));
            }

            return sb.ToString();
        }
    }
}

在上面的示例中，首先定義了一個CalculateMD5方法來計算輸入字符串的MD5值，并將其轉換為十六進制字符串。然后在Main方法中，分別計算了兩個字符串的MD5值，并使用StringComparer.OrdinalIgnoreCase.Equals()方法比較這兩個MD5值是否相等。最后輸出比較結果。