要在Java中合并PDF文件，可以使用Apache PDFBox庫。以下是一個簡單的示例代碼，演示如何將兩個PDF文件合并成一個新的PDF文件：

import org.apache.pdfbox.io.MemoryUsageSetting;
import org.apache.pdfbox.multipdf.PDFMergerUtility;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class MergePDFFiles {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 創建一個PDFMergerUtility對象
            PDFMergerUtility merger = new PDFMergerUtility();

            // 添加要合并的PDF文件
            merger.addSource(new File("file1.pdf"));
            merger.addSource(new File("file2.pdf"));

            // 設置輸出文件
            merger.setDestinationFileName("output.pdf");

            // 執行合并操作
            merger.mergeDocuments(MemoryUsageSetting.setupMainMemoryOnly());

            System.out.println("PDF files merged successfully.");
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上面的示例中，我們首先創建一個PDFMergerUtility對象，然后分別添加要合并的兩個PDF文件。接著設置輸出文件名，最后調用mergeDocuments()方法執行合并操作。最后輸出合并成功的信息。

請注意，為了運行此代碼，您需要在項目中包含Apache PDFBox庫的依賴。您可以在Maven或Gradle中添加以下依賴關系：

Maven:

<dependency>
    <groupId>org.apache.pdfbox</groupId>
    <artifactId>pdfbox</artifactId>
    <version>2.0.23</version>
</dependency>

Gradle:

implementation 'org.apache.pdfbox:pdfbox:2.0.23'

這樣就可以使用Java代碼來合并PDF文件了。