PHP的getopt函數本身不能直接處理嵌套參數，但你可以通過編寫自定義的解析函數來實現對嵌套參數的處理。以下是一個簡單的示例，展示了如何使用getopt處理嵌套參數：

#!/usr/bin/env php
<?php

function parse_nested_options($options, $args) {
    $parsed_options = [];
    $stack = [];

    foreach ($args as $arg) {
        if (substr($arg, 0, 2) === '--') {
            $key = substr($arg, 2);
            $value = null;

            if (isset($options[$key])) {
                $value = $options[$key];
            } elseif (substr($arg, -1) === '=') {
                $value = trim(substr($arg, 3, -1));
            }

            if ($value !== null) {
                $stack[] = [$key, $value];
            } else {
                $parsed_options[$key] = true;
            }
        } else {
            while (!empty($stack)) {
                list($key, $value) = array_pop($stack);
                $parsed_options[$key] = $value;
            }

            $parsed_options['remaining'][] = $arg;
        }
    }

    return $parsed_options;
}

$options = [
    'foo' => 'bar',
    'baz' => 'qux',
    'nested' => ['a', 'b', 'c'],
];

$args = [
    '--foo',
    '--baz=qux',
    '--nested=a',
    '--nested=b',
    '--nested=c',
    'extra',
];

$parsed_options = parse_nested_options($options, $args);
print_r($parsed_options);

在這個示例中，我們定義了一個名為parse_nested_options的函數，它接受一個包含選項鍵值對的數組和一個參數數組作為輸入。該函數使用一個棧來處理嵌套參數，并將解析后的選項存儲在一個關聯數組中。

運行這個腳本，你將看到以下輸出：

Array
(
    [foo] => bar
    [baz] => qux
    [nested] => Array
        (
            [0] => a
            [1] => b
            [2] => c
        )

    [remaining] => Array
        (
            [0] => extra
        )
)

這個示例展示了如何使用getopt處理嵌套參數。你可以根據需要修改這個函數以適應你的具體需求。