在Java Web應用程序中，可以使用Java EE的安全框架來實現域（domain）級別的權限管理。以下是實現這一目標的一些建議：

1. 使用Java EE安全注解：Java EE提供了一組內置的安全注解，如@RolesAllowed、@PermitAll和@DenyAll。這些注解可以應用于Web應用程序中的方法或類，以定義訪問控制規則。例如：

@Path("/secure")
public class SecureResource {

    @GET
    @Path("/data")
    @RolesAllowed({"ADMIN", "USER"})
    public String getData() {
        // ...
    }
}

在這個例子中，只有具有ADMIN或USER角色的用戶才能訪問/secure/data端點。

2. 配置安全約束：在web.xml文件中，可以定義安全約束來限制對特定資源的訪問。例如：

<security-constraint>
    <web-resource-collection>
        <web-resource-name>Secure Area</web-resource-name>
        <url-pattern>/secure/*</url-pattern>
    </web-resource-collection>
    <auth-constraint>
        <role-name>ADMIN</role-name>
        <role-name>USER</role-name>
    </auth-constraint>
</security-constraint>

在這個例子中，只有具有ADMIN或USER角色的用戶才能訪問/secure/*路徑下的資源。

3. 使用身份驗證和授權：Java EE提供了幾種身份驗證和授權機制，如基于表單的登錄、HTTP基本身份驗證和摘要身份驗證。這些機制可以與Java EE安全注解和安全約束結合使用，以實現更復雜的訪問控制策略。

4. 配置身份驗證提供者（Authentication Provider）：為了支持自定義的身份驗證邏輯，可以配置一個身份驗證提供者。身份驗證提供者負責驗證用戶的憑據，并返回一個認證對象，該對象包含有關已驗證用戶的信息。

5. 配置訪問決策管理器（Access Decision Manager）：訪問決策管理器負責根據配置的訪問控制規則對用戶請求進行授權。可以將訪問決策管理器與Java EE安全注解和安全約束結合使用，以實現更細粒度的訪問控制。

通過遵循這些步驟，可以在Java Web應用程序中實現域級別的權限管理。請注意，這些示例僅涉及Java EE的一部分功能，實際實現可能因應用程序的需求和技術棧而異。