在Java中刪除PDF中的注釋，可以使用Apache PDFBox庫。下面是一個簡單的示例代碼，通過該代碼可以打開一個PDF文件，刪除所有的注釋并保存修改后的文件。

import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocument;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDPage;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDAnnotation;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class RemoveAnnotations {

    public static void main(String[] args) {
        try {
            // Load the PDF file
            File file = new File("input.pdf");
            PDDocument document = PDDocument.load(file);

            // Remove all annotations from each page
            for (PDPage page : document.getPages()) {
                page.getAnnotations().clear();
            }

            // Save the modified document
            document.save("output.pdf");
            document.close();

            System.out.println("Annotations removed successfully!");
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上面的代碼中，首先加載一個PDF文件（假設文件名為input.pdf），然后遍歷每一頁并刪除所有的注釋，最后保存修改后的文件為output.pdf。請確保在運行此代碼之前將Apache PDFBox庫添加到項目的構建路徑中。