有幾種常用的方法可以將Java Desktop應用程序打包并部署到用戶的計算機上：

1. 使用Java打包工具：可以使用Java自帶的打包工具如jar命令來將Java應用程序打包成一個可執行的JAR文件。通過命令行執行如下命令：

jar -cfe MyApplication.jar com.example.MyApplication com/example/*.class

這將會將所有的class文件和資源文件打包成一個JAR文件，并將指定的主類設置為MyApplication。

2. 使用Apache Maven：如果你的項目使用了Maven作為構建工具，可以使用Maven的插件來打包應用程序。在pom.xml文件中添加如下配置：

<build>
    <plugins>
        <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
            <version>3.3.0</version>
            <configuration>
                <descriptorRefs>
                    <descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
                </descriptorRefs>
                <archive>
                    <manifest>
                        <mainClass>com.example.MyApplication</mainClass>
                    </manifest>
                </archive>
            </configuration>
            <executions>
                <execution>
                    <phase>package</phase>
                    <goals>
                        <goal>single</goal>
                    </goals>
                </execution>
            </executions>
        </plugin>
    </plugins>
</build>

然后執行如下命令進行打包：

mvn package

3. 使用打包工具如Launch4j：Launch4j是一個開源的打包工具，可以將Java應用程序打包成一個可執行的Windows可執行文件。你可以通過Launch4j的GUI界面來配置應用程序的參數并生成可執行文件。

無論使用哪種方法進行打包，部署Java Desktop應用程序時，可以將打包好的JAR文件和所需的資源文件一起發布。用戶可以通過雙擊JAR文件或者運行可執行文件來啟動應用程序。