要處理加密的PDF文件，可以使用Java的PDF庫，如Apache PDFBox或iText來解密和讀取PDF文件。以下是一個使用Apache PDFBox的示例代碼來處理加密的PDF文件：

import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocument;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocumentCatalog;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDPage;
import org.apache.pdfbox.text.PDFTextStripper;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class PDFReader {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 加載加密的PDF文件
            PDDocument document = PDDocument.load(new File("encrypted.pdf"), "password");

            // 解密PDF文件
            if (document.isEncrypted()) {
                document.setAllSecurityToBeRemoved(true);
            }

            // 獲取PDF文檔的內容
            PDFTextStripper textStripper = new PDFTextStripper();
            String content = textStripper.getText(document);

            // 輸出PDF文檔的內容
            System.out.println(content);

            // 關閉PDF文檔
            document.close();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上面的示例中，我們首先加載加密的PDF文件encrypted.pdf，然后使用指定的密碼password來解密PDF文件。接著，我們使用PDFTextStripper類來提取PDF文檔的文本內容，并將其輸出到控制臺上。最后，我們關閉PDF文檔以釋放資源。

請注意，解密PDF文件可能需要提供正確的密碼。如果PDF文件沒有密碼保護，可以使用document.openProtection()方法來打開保護。此外，我們還可以使用其他PDF庫來處理加密的PDF文件，具體操作方式可能會有所不同。