要使用Java和iText庫的PDFStamper來保護PDF文件，請按照以下步驟操作：

1. 首先，確保已將iText庫添加到項目中。如果您使用Maven，可以在pom.xml文件中添加以下依賴項：

   <groupId>com.itextpdf</groupId>
   <artifactId>itextpdf</artifactId>
   <version>5.5.13.2</version>
</dependency>

2. 導入所需的類：

import com.itextpdf.text.DocumentException;
import com.itextpdf.text.pdf.PdfReader;
import com.itextpdf.text.pdf.PdfStamper;
import com.itextpdf.text.pdf.PdfWriter;

3. 創建一個方法來保護PDF文件：

public void protectPdfFile(String inputPath, String outputPath, String password) {
    try {
        // 創建PdfReader實例
        PdfReader reader = new PdfReader(inputPath);

        // 創建PdfStamper實例
        PdfStamper stamper = new PdfStamper(reader, new FileOutputStream(outputPath));

        // 設置密碼保護
        stamper.setEncryption(PdfWriter.ENCRYPTION_AES_128, password.getBytes(), password.getBytes(),
                PdfWriter.ALLOW_PRINTING, PdfWriter.STANDARD_ENCRYPTION_128);

        // 關閉PdfStamper
        stamper.close();
    } catch (IOException | DocumentException e) {
        e.printStackTrace();
    }
}

4. 調用此方法以保護PDF文件：

public static void main(String[] args) {
    String inputPath = "path/to/your/input.pdf";
    String outputPath = "path/to/your/protected_output.pdf";
    String password = "your_password";

    protectPdfFile(inputPath, outputPath, password);
}

這樣，您就可以使用Java和iText庫的PDFStamper來保護PDF文件了。請注意，這種保護方法僅適用于具有iText庫的Java應用程序。其他用戶可能需要使用支持PDF密碼保護的PDF閱讀器（如Adobe Acrobat Reader）來查看受保護的文件。