是的，可以在Ubuntu系統下同時使用Eigen和CUDA。Eigen是一個C++模板庫，用于線性代數計算，而CUDA是用于在NVIDIA GPU上進行并行計算的編程模型。您可以在使用Eigen進行CPU端計算的同時，使用CUDA在GPU上進行并行計算，從而充分利用CPU和GPU的計算能力。您可以通過在CMake中正確配置Eigen和CUDA的庫路徑和鏈接選項來實現這一點。請注意，您需要確保您的GPU支持CUDA，并且正確安裝了CUDA工具包。
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