MyBatis在Spring Boot中的最佳實踐主要包括以下幾個方面：

1. 使用注解方式：在Spring Boot中，推薦使用注解的方式來配置MyBatis，而不是使用XML配置文件。這樣可以減少配置文件的數量和復雜性，提高開發效率。例如，可以使用@MapperScan注解來指定掃描的包路徑，使用@Select、@Insert、@Update等注解來編寫SQL語句。
2. 使用application.properties或application.yml配置文件：在Spring Boot項目中，通常使用application.properties或application.yml文件來配置應用程序的參數。對于MyBatis，可以在這些文件中配置數據源、事務管理器、MyBatis的配置信息等。例如，可以配置數據源的URL、用戶名、密碼等信息，以及事務管理器的相關信息。
3. 使用@Configuration注解創建配置類：為了更好地組織和管理MyBatis的配置，可以使用@Configuration注解創建一個配置類。在這個類中，可以定義一些MyBatis的Bean，例如SqlSessionFactory、MapperScannerConfigurer等。
4. 使用@Mapper注解：為了更好地管理Mapper接口，可以使用@Mapper注解來標記Mapper接口。這樣可以讓Spring Boot自動掃描到這些接口，并為它們生成代理對象。
5. 使用@Param注解：在編寫SQL語句時，如果參數較多或者參數名相同，可以使用@Param注解來明確指定參數的名稱。這樣可以避免參數名沖突的問題，提高代碼的可讀性和可維護性。
6. 合理使用緩存：MyBatis提供了兩級緩存機制，一級緩存是SqlSession級別的緩存，二級緩存是Mapper級別的緩存。在實際開發中，可以根據需要合理使用緩存來提高查詢效率。但是需要注意緩存的一致性問題，如果數據發生了變化，需要及時清除緩存。
7. 合理使用分頁插件：對于需要分頁查詢的場景，可以使用分頁插件來實現分頁功能。這樣可以避免手動編寫分頁SQL語句的繁瑣和錯誤。
8. 注意SQL注入問題：在使用MyBatis進行數據庫操作時，需要注意防止SQL注入問題。可以使用預編譯語句或者ORM框架來避免SQL注入的風險。

總之，在Spring Boot中使用MyBatis時，應該遵循簡潔、高效、安全的原則，合理配置和使用MyBatis的各項功能，以提高開發效率和代碼質量。