要解決VPS網站目錄灰色的問題，可以嘗試以下幾個步驟：
檢查文件和文件夾權限：確保您的網站目錄及其內容具有正確的權限。通常，網站目錄的權限應設置為755，文件的權限應設置為644。您可以使用命令chmod來更改文件和文件夾的權限。
檢查用戶和用戶組：確保網站目錄的所有者和所屬用戶組與您的Web服務器進程匹配。您可以使用命令chown來更改文件和文件夾的所有者，使用命令chgrp來更改文件和文件夾的所屬用戶組。
檢查SELinux設置：如果您的VPS上啟用了SELinux安全機制，它可能會限制對網站目錄的訪問。您可以使用命令ls -Z來檢查文件和文件夾的SELinux上下文，使用命令chcon來更改文件和文件夾的SELinux上下文。
檢查Web服務器配置：確保Web服務器的配置文件正確指向您的網站目錄。您可以查看Web服務器的配置文件（如Apache的httpd.conf或Nginx的nginx.conf）來確認目錄設置是否正確。
重新啟動Web服務器：在完成上述步驟后，重新啟動Web服務器以使更改生效。
如果以上步驟沒有解決問題，可能還需要查看錯誤日志以獲取更多信息，并考慮咨詢VPS提供商或系統管理員以獲取進一步的幫助。
