在Java中，可以使用Runtime.getRuntime().exec()方法來調用ffmpeg命令。

以下是一個示例代碼，展示如何調用ffmpeg命令來將視頻文件轉換為MP4格式：

import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;

public class FFMpegExample {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 定義ffmpeg命令
            String ffmpegCmd = "ffmpeg -i input.avi output.mp4";

            // 執行ffmpeg命令
            Process process = Runtime.getRuntime().exec(ffmpegCmd);

            // 獲取命令輸出結果
            BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getErrorStream()));
            String line;
            while ((line = reader.readLine()) != null) {
                System.out.println(line);
            }

            // 等待命令執行完成
            int exitCode = process.waitFor();
            System.out.println("Exit Code: " + exitCode);
        } catch (IOException | InterruptedException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

上述代碼中，ffmpeg -i input.avi output.mp4是要執行的ffmpeg命令，其中input.avi是輸入文件名，output.mp4是輸出文件名。你可以根據自己的需要修改這些參數。

要注意的是，Runtime.getRuntime().exec()方法會創建一個新的進程來執行命令，并返回一個Process對象。你可以使用Process對象來獲取命令的輸出結果，也可以使用waitFor()方法等待命令執行完成。

另外，為了在Java程序中調用ffmpeg命令，你需要確保ffmpeg已經安裝并配置了環境變量。