在使用JGit將代碼合并到Java項目中時，可以按照以下步驟操作：

1. 導入JGit庫：首先要在Java項目中導入JGit庫，可以通過Maven或Gradle等構建工具來添加JGit的依賴。

2. 創建Git倉庫：使用JGit創建一個Git倉庫對象，可以通過指定本地路徑或URL來初始化一個倉庫。

3. 拉取遠程代碼：使用JGit將遠程代碼拉取到本地的代碼庫中，可以通過指定分支來拉取特定的代碼。

4. 合并代碼：通過JGit的API可以實現代碼合并的操作，可以選擇合并策略來確定如何合并代碼，比如使用Fast Forward策略或者3-way合并策略。

5. 提交代碼：最后將合并后的代碼提交到本地倉庫中，然后可以選擇推送到遠程倉庫。

以下是一個簡單的示例代碼，用于演示如何使用JGit合并代碼：

import org.eclipse.jgit.api.Git;
import org.eclipse.jgit.api.MergeCommand;
import org.eclipse.jgit.lib.Repository;

import java.io.File;

public class GitMergeExample {

    public static void main(String[] args) throws Exception {
        String localPath = "/path/to/local/git/repo";
        String remoteUrl = "https://github.com/example/repo.git";
        String branch = "master";

        // Clone remote repository
        Git.cloneRepository()
                .setURI(remoteUrl)
                .setDirectory(new File(localPath))
                .call();

        // Open the local repository
        try (Repository repository = Git.open(new File(localPath)).getRepository()) {
            Git git = new Git(repository);

            // Pull changes from remote repository
            git.pull()
                    .setRemote("origin")
                    .setRemoteBranchName(branch)
                    .call();

            // Merge changes into current branch
            git.merge()
                    .include(repository.resolve("origin/" + branch))
                    .setStrategy(MergeCommand.Strategy.RECURSIVE)
                    .call();

            // Commit merged changes
            git.commit()
                    .setMessage("Merged changes from remote repository")
                    .call();

            // Push changes to remote repository
            git.push()
                    .setRemote("origin")
                    .call();
        }
    }
}

通過以上步驟和示例代碼，可以實現使用JGit將遠程代碼合并到Java項目中的操作。在實際應用中，可以根據具體需求進行修改和擴展。