PHP的md5_file函數可以用來計算文件的MD5哈希值。雖然MD5是一種不可逆的哈希算法，但并不能完全保證文件的安全性。MD5算法存在碰撞的可能性，即不同的文件可能會生成相同的MD5值。因此，MD5值在一定程度上可以用來驗證文件的完整性，但并不能確保文件的絕對安全。
為了確保文件的安全性，可以考慮以下幾點措施：
使用更強大的哈希算法：MD5算法雖然廣泛使用，但已經被認為不夠安全。可以考慮使用更強大的哈希算法，如SHA-256、SHA-3等。
結合文件簽名：除了使用哈希算法計算文件的摘要，還可以結合文件簽名來確保文件的安全性。文件簽名是一種用私鑰對文件的哈希值進行簽名的方式，只有持有對應公鑰的用戶才能驗證文件的完整性。
加密文件：對于對文件的安全性要求較高的情況，可以考慮對文件進行加密處理，確保文件的內容只能被授權用戶訪問。
綜上所述，使用md5_file函數計算文件的MD5值可以用來驗證文件的完整性，但并不能完全保證文件的安全性。為了確保文件的安全性，可以結合其他措施來提高文件的安全性。
