要在Linux上設置JAR文件開機自啟動，可以按照以下步驟進行操作：

1. 將JAR文件放置在Linux系統的合適位置，例如/opt/yourapp/yourapp.jar。

2. 創建一個啟動腳本，可以使用一個文本編輯器創建一個新文件，例如/etc/init.d/yourapp，并將以下內容復制到文件中：

#!/bin/sh
### BEGIN INIT INFO
# Provides:          yourapp
# Required-Start:    $remote_fs $syslog
# Required-Stop:     $remote_fs $syslog
# Default-Start:     2 3 4 5
# Default-Stop:      0 1 6
# Short-Description: Start yourapp at boot time
# Description:       Enable service provided by yourapp.
### END INIT INFO

case "$1" in
    start)
        echo "Starting yourapp"
        java -jar /opt/yourapp/yourapp.jar >/dev/null 2>&1 &
        ;;
    stop)
        echo "Stopping yourapp"
        pkill -f yourapp.jar
        ;;
    *)
        echo "Usage: /etc/init.d/yourapp {start|stop}"
        exit 1
        ;;
esac

exit 0

3. 保存并退出文本編輯器后，運行以下命令添加執行權限：

sudo chmod +x /etc/init.d/yourapp

4. 運行以下命令將服務添加到啟動列表中：

sudo update-rc.d yourapp defaults

5. 現在，您可以使用以下命令來啟動、停止或重啟您的應用程序：

sudo service yourapp start
sudo service yourapp stop
sudo service yourapp restart

您的JAR文件將在Linux系統啟動時自動運行。

請注意，上述步驟是針對使用SysV init系統的Linux發行版，如Debian、Ubuntu等。對于使用systemd init系統的發行版（如CentOS 7和Ubuntu 16.04+），您需要使用systemd unit文件來設置自啟動。