臺灣服務器操作系統可選擇Windows系統和Linux系統，需要根據自身的實際情況選擇自己熟悉、滿足業務需求的操作系統即可，比如Windows系統支持NET技術，而Linux系統則無法支持，Linux系統是開源的，而Windows系統則不是，因此選擇Windows系統相對價格會貴一些。
具體內容如下
1、Windows操作系統
Windows系統是由微軟公司（Microsoft）研發，擁有大量的使用者，很多臺灣服務器都選擇安裝Windows操作系統。主要有Windows Server 2003與Windows Server 2008這兩個版本，08版本使用者更多。Windows操作系統有著世界領先的技術，包括.NET技術支持，該技術微軟開發的，NET技術是很有意義的，Linux系統則無法支持。Windows操作系統支持微軟數據庫、支持Microsoft Access或者Microsoft SQL.這些數據庫在Linux專用服務器下是無法運行的。因不是開源操作系統，Windows操作系統因此價格比Linux系統要貴一些。
2、Linux操作系統
Linux是一種自由和開放源代碼的類UNIX操作系統。因為它是開放源碼的，價格更加低廉，有很多都是免費的，這就意味著你可以安裝操作系統中所有的選項。Linux操作系統能吸引大量的服務器管理員，因為它無需軟件的許可證授權費用。在腳本支持方面Linux可以支持PHP，MySQL和Perl等應用，如果你打算或者正在你的網站上使用這些腳本或者代碼，那么使用Windows操作系統在某些方面上并不十分突出，腳本在不同平臺上不是都兼容的。
