在PHP中，使用exec()函數可以執行外部命令。為了確保安全性，你應該遵循以下最佳實踐：

1. 驗證輸入：確保傳遞給exec()函數的參數是有效的，并且已經過適當的驗證和清理。避免執行來自不可信來源的命令。

2. 使用白名單：只允許執行預定義的命令列表。不要執行用戶提供的任意命令。

3. 避免使用shell：盡量直接調用命令，而不是通過shell執行。這樣可以減少潛在的安全風險。例如，使用exec('command arg1 arg2')而不是exec('sh -c "command arg1 arg2"')。

4. 轉義特殊字符：如果必須使用shell執行命令，請使用escapeshellarg()或escapeshellcmd()函數轉義特殊字符，以防止命令注入攻擊。

5. 使用完全限定路徑：在執行命令時，盡量使用命令的完全限定路徑（包括文件名和擴展名）。這可以確保系統始終使用正確的版本，并減少潛在的路徑遍歷攻擊。

6. 限制權限：確保運行exec()函數的用戶具有足夠的權限來執行所需的操作，但不要給予過多的權限。

7. 捕獲錯誤輸出：將exec()函數的錯誤輸出重定向到標準輸出，以便在出現問題時更容易地診斷問題。例如：exec('command arg1 arg2 2>&1')。

8. 記錄日志：記錄所有執行的命令及其輸出，以便在出現問題時進行審計和調查。

9. 使用其他函數：在某些情況下，可以使用其他PHP函數（如shell_exec()、system()或passthru()）執行外部命令。但是，請注意，這些函數可能存在類似的安全風險，因此在使用它們時要遵循相同的最佳實踐。

示例：

$allowed_commands = ['ls', 'pwd'];
$command = 'ls'; // 假設這是從用戶輸入或其他來源獲取的命令

if (in_array($command, $allowed_commands)) {
    $output = [];
    $return_var = 0;
    exec("{$command} 2>&1", $output, $return_var);

    if ($return_var === 0) {
        echo "Output: " . implode("\n", $output);
    } else {
        echo "Error: " . implode("\n", $output);
    }
} else {
    echo "Invalid command.";
}

這個示例首先檢查命令是否在允許的命令列表中，然后使用exec()函數執行命令，并將錯誤輸出重定向到標準輸出。最后，根據返回值判斷命令是否成功執行。